Automatisk fastsetting av utlistingskriterer

Fram til en kalv er genotypet er avlsverdien gjennomsnittet av mor og far sin avlsverdi (foreldremiddel). Utvelgelsen av kalvene Geno ønsker å genotype, baserer seg på foreldremidlet til kalven. Nedre grense for foreldremiddel for at en kalv skal listes ut som emne (utlistingskriteriet) varierer fra okse til okse og innen kjønn. Historisk skjedde utlistingen av emner i Kukontrollen, og utlistingskriteriene ble satt manuelt etter hver avlsverdiberegning.

I november 2024 tok Geno i bruk et nytt verktøy som automatiserer fastsettingen av utlistingskriteriene, og som legger til rette for genotyping av aktuelle kalver. Begge systemene ligger nå hos Geno. Overgangen til automatisk fastsetting av utlistingskriterer gjør at disse beregningene nå kjøres på nytt hver natt, slik at all informasjon som til enhver tid er tilgjengelig i om dyret (insemineringer, drektighetskontroller, kalvinger, utrangeringer) inngår i beregningene. Dette gjør at det er enklere å oppnå riktig antall genotypede avkom per far, samtidig som avlsverdien på kalvene som genotypes økes.

Ulike grupper avlsemner

Prognosen tar utgangspunkt i at man ønsker å genotype de 160 oksekalvene og 120 kvigekalvene med høyest foreldremiddel etter hver okse. Emnene som skal genotypes kan deles i tre kategorier:

1. Kalv født eller ventet etter embryoinnlegg

2. Fødte eller ventede første kalver etter tidligere donorer (Elitekviger). Donorene insemineres på Store Ree, og den ventede kalven har samme verdi for Geno som kalv født etter embryoinnlegg.

3. Fødte eller ventede kalver etter inseminering i felt

Kalv i gruppe 1 og 2 skal alltid genotypes, uavhengig av kjønn og foreldremiddel. Kjøringen av prognosen har som mål å identifisere utlistingskriteriene for avkom etter de ulike seminoksene i gruppe 3, slik at man ender med 160 genotypede sønner og 120 genotypede døtre etter hver far.

Hvor mange flere kalver i gruppe 3 må det listes ut etter hver okse fremover?

Som eksempel tar jeg her utgangspunkt i oksekalv, men prinsippet er likt for kvigekalv. For hver okse beregnes antall gjenstående oksekalver som skal listes ut i gruppe 3, ved å ta utgangspunkt i ønsket antall genotypede oksekalver (160) og trekke fra:

• Antall ventede oksekalver etter embryoinnlegg eller som er førstefødte av tidligere donor (kalv ventet etter bruk av konvensjonell sæd, teller som en ½ oksekalv).

• Antall sønner vi har fått inn øreprøve på.

• Antall sønner det er sendt ut genotypingsutstyr på og som vi forventer å få en øreprøve i retur på. Vi forventer at Biobank får i retur øreprøve på 70–75 prosent av emnene som det sendes ut utstyr til. Beregningene tar hensyn til at sannsynligheten for at Biobank får inn en øreprøve, synker med tiden etter utsendelse av prøveutstyret.

12355 NR Brandstad som et eksempel

Så langt har Biobank mottatt øreprøve på 68 sønner etter ham. Vi forventer å få inn ytterligere øreprøver på 19,9 sønner som har fått tilsendt utstyr for genotyping. Det er sendt ut utstyr på noen flere, men tallet 19,9 reflekterer hvor mange av disse kalvene vi forventer at vi faktisk får genotypet. Videre ventes det en kalv født etter embryoinnlegg (teller som en ½ oksekalv) og ingen flere kalver i kategorien førstefødt av tidligere donor. For å oppnå 160 genotypede sønner, mangler det 71,6 oksekalver. Med en forventet returprosent på 75 så må det listes ut 95,5 oksekalver til.

Hvordan beregnes utlistingskriteriet i gruppe 3?

Vi bruker fortsatt 12355 Brandstad som eksempel. Når programmet har identifisert antall oksekalver som mangler for å nå måltallet, identifiseres alle oksekalvene som er født de siste 21 dagene (og som ikke er listet ut), og alle kalvene som ventes født fremover med ham som far. Deretter rangeres kalvene etter foreldremiddel.

For ufødt kalv brukes informasjon om sædtypen som er brukt i insemineringen av kua. Da kan programmet ta hensyn sannsynligheten for at den ventede kalven blir en oksekalv. Dersom det kun er brukt konvensjonell sæd og SV sæd i insemineringer, kan man forvente at halvparten av kalvene som blir født er oksekalv. Hvis det også er bruk av REDX i en inseminering tar programmet hensyn til at det er 10 prosent sannsynlighet for at den aktuelle kalven blir en oksekalv. Programmet kompenserer da for dette ved å gå tilsvarende lenger ned på lista over ventede kalver. Foreldremidlet til den siste kalven som ble pekt på etter 12355 NR Branstad var 31,82, hvilket blir brukt som utlistingskriteriet det kommende døgn for avkom etter 12355 NR Brandstad.

Utlisting av emner

Når programmet har identifisert utlistingskritereiene for alle oksene, går programmet igjennom alle kalver født de siste 21 dagene og identifiserer alle individ som passerer utlistingskriteriene og som ikke alt er listet ut. Disse blir så registrert som emner og Biobank sender ut prøveutstyr for genotyping. Kalvene blir da vist som emner i Geno Avlsplan.

Ventede kalver merkes ikke lenger som potensielle emner

Når utlistingskriteriene for avkom etter en okse beregnes på nytt hver natt så vil de ofte endre seg noe. Kravet til foreldremiddel kan både øke og minske og noen ganger er endringene store. Dette skjer fordi det kommer inn informasjon om re-insemineringer, utrangeringer og nye kalver i Kukontrollen, og mottatte øreprøver hos Biobank som påvirker beregningene. Dersom en ventet kalv ble merket som emne før fødsel så vil den kunne falle ut av lista igjen innen den er født. For ikke å skape forvirring har Geno valgt å ikke merke ventede kalver som potensielle emner.

Automatiske avslag

Hver natt går Genos systemer igjennom alle emner som ikke er kjøpt eller avslått, og sjekker om det er fornuftig å ha dem med som emner. Dette gjøres for å sikre at utlistingen av emner blir så optimal som mulig.

Følgende emner avslås automatisk når det foreligger informasjon om hendelsen i Kukontrollen:

• Døde kalver (det er bedre å registrere at kalven er død i Kukontrollen enn å sende melding til Biobank)

• Kalv som er kastrert

• Kalv som har fått rettet avstamningen slik at de ikke lenger er definert som ren NRF

• Kalv som er solgt, og hvor Biobank ikke har mottatt noen øreprøve innen 1 uke etter salgsdato

• Kalv som er født etter semin og hvor det er gått 90 dager etter utsendelse av utstyr uten at Biobank har fått inn noen øreprøve